在庄严肃穆的道教三清大殿中，通常供奉着神态端庄的三位尊神，这就是道教的最高神“三清”。三清即玉清元始天尊、上清灵宝天尊、太清道德天尊，三清为道家哲学“三一”学说的象征。《道德经》第四十二章曰：“道生一，一生二，二生三，三生万物，万物负阴而抱阳，冲气以为和。”由无名大道化生混沌元气，由元气化生阴阳二气，阴阳之相和，生天下万物。第十四章又说：“视之不见名曰夷，听之不闻名曰希，搏之不得名曰微。此三者不可致诘，故混而为一，”认为一化为三，三合为一，“用则分三，本则常一”。后来道教以此衍化出居于三清胜境的三位尊神。因此“三清”尊神在道教神仙体系中位为最尊，《道教义枢》卷七引《太真科》说：“大罗生玄元始三气，化为三清天也：一曰清微天玉清境，始气所成；二日禹余天上清境，元气所成；三曰大赤天太清境，玄气所成。从此三气各生，”据《云簋七籖》和《道法会元》等道书记载，清微天玉清境，混洞太无元，其气始青，真道升圣境，天宝尊(元始天尊)治之；禹余天上清境，其气元黄，仙道升真境，灵宝尊治之；大赤天太清境，其气玄白；人道升仙境，道天尊居之。文曰：“此四种民天，即三界之上，灾所不及四种民天上有三清境。三清之上即是大罗天，元始天尊居其中，施化敷教。天宝君治在玉清境，清微天也。灵宝君治在上清境，即禹余天也，神宝尊(道德天尊)治在太清境，即大赤天也。”(《云簋七籖》卷三《道教本始部》)又据《集说诠真》引《读书纪数略》云：“三清者玉清圣境，元始居之；上清圣境，道君居之；太清仙境，老君居之。”同时，道教的三清尊神还反映了道教“三洞真经”的神化。《云簋七籖》卷六《三洞经教部》说：“《道门大论》云三洞者，洞言洞也。通玄达妙，其统有三，故云‘三洞’。第一洞真，第二洞玄，第三洞神。乃三景之玄旨，八会之灵章。”根据《道法会元》卷一《清微道法枢纽》关于清微神位的记载；清微圣祖玉清元始妙道上帝代表洞真经部，太玄辅之，传道教清微派；清微玄祖上清灵福玉雇大道君，代表洞玄经部，太平辅之，传灵宝派；清微始祖太清道德五灵玄老君代表洞神经部，太清辅之，正一盟威之道通贯三洞，传道德派和正一派。
三清尊神的形象有一个历史过程。汉顺帝时(126—144年)，张道陵鹤鸣山(今四川大邑县境内)创立无斗米道，尊“太上老君”为最高神。后来寇谦之改革天师道，亦以“太上老君”为最早最高尊神，但已经出现了“道德天尊”的名称，以今所见，“三清”的名称最早始见于南梁陶弘景所撰的《真灵位业图》。该书排列神仙序位，分为七个层次，每一层设一个中位。上第一中位，上合虚皇道君，应号元始天尊。第二中位，上清高圣太上玉晨元皇大道君(为万道之主)。第三中位，太极金阀帝君，姓李，(壬辰下教太平主)。第四中位，太清太上老君(为太清道主，下临万民)。上皇太上无上大道君。其中较为明显地提出了上清太清的名称，但“三清”之名位次序尚未确定，并且第三位为“金阀帝君”，太上老君却居于第四中位。以后“三清”神名逐渐流变发展，至唐代才成为定说。《道藏·太平部·三洞珠囊》卷七引《老君圣迹》云：“此即玉清境，元始天尊位，在三十五天之上也。此即上清境，太上大道君(灵宝天尊)位，在三十四天之上也。太清境太极目，即太上老君位，在三十三之上也。”于是“三清”遂成为道教的最高神。
元始天尊
元始天尊，又名“玉清元始天尊”。在“三清”之中位为最尊，也是道教神仙中的第一位尊神。《历代神仙通鉴》称他为“主持天界之祖”。他的地位虽然高，但出现却比太上老君要晚。道教形成初期并无“元始天尊”的说法，《太平经》《想尔注》等均无记载。在中国神话传说中，也无来历可寻。根据道书的记载：最早出现“元始”之名的是晋葛洪的《枕中书》书中记载：棍沌未开之前，有天地之精，号“元始天王”，游于其中。后二仪化分，元始天王居天中心之上，仰吸天气，俯饮地泉。又经数劫，与太元玉女通气结精，生天皇西王母，天皇生地皇，地皇生人皇，其其后庖羲，神农皆苗裔也。并曰：“玄都玉京七宝山，在大罗之上，有上、中、下三宫。上宫是盘古真人、元始天王、太太圣母所牿。”此时，还只有有始天王的称呼。直到南朝时，梁陶弘景《真灵位业图》才始有“元始天尊”之号。该书第一阶中位神为“上台虚皇道君”，应号“元始天尊”，称“玉清境元始天尊”为主。但是书中又有一“元始天王”，列为第四中位左位第四神。《隋书.经籍志四》始喊予元始天尊以诸神特性，称他“生于太元之先”。认为“天尊之体，常存不灭，每到天地初开，授以秘道，谓开劫度人。然其开劫，非一度矣，故有延康、赤明、龙汉、开皇，是其年号，其问相距经四十亿万载，所度皆诸仙上品，有太上老君、太上丈人、天皇真人，五方五帝及诸仙官”。隋代道士为天尊取名为“乐静信”。隋唐之时，遂将古代神话传说中的盘古真地位而掀起的说法。表明道教信徒对元始天尊的信仰。
关于元始天尊的名称，《初学记》卷二三引《太玄真一本际经》解释